La aprobación del acuerdo generó una fuerte reacción en sectores productivos europeos, especialmente entre agricultores que consideran que el tratado los deja en desventaja.

Productores agropecuarios de distintos países europeos manifestaron su oposición al acuerdo con el Mercosur, advirtiendo que la apertura comercial podría derivar en una mayor competencia de productos sudamericanos a menor costo. En Francia, el rechazo se tradujo en protestas y en una postura política crítica frente al tratado.

Las principales objeciones se centran en las diferencias de estándares ambientales, sanitarios y laborales entre ambos bloques, así como en el posible impacto sobre las economías rurales europeas.

Pese a estas resistencias, el respaldo mayoritario de los Estados miembros permitió que el acuerdo continúe su curso institucional.